Вивчення європейської інтеграції та ЄС, співпраці ЄС-Україна завжди було одним з пріоритетних напрямків дослідження. У вересні 1996 р в Одесі під егідою Ради Європи була проведена 17-конференція «Європа регіонів». Центр взяв участь у проекті TEMPUS / TACIS «Дослідження Європейська інтеграції в Одесі» в 1997-2001 рр. Нашими партнерами в його реалізації були Університет Ексетера (Великобританія), Університет Еразмус (Нідерланди) і Національний Університет ім. Каподістрії (Греція).
Центр передових досліджень та викладання (CART) в галузі європейських досліджень функціонував в рамках масштабного проекту, який фінансувався Міжнародним Фондом «Відродження» в 2001- 2002 рр. Влітку 2001 р. проводилася літня школа з європейських досліджень також в рамках масштабного проекту. Ще одна літня школа «Визначаючи європейські дослідження: національний досвід та регіональні перспективи» була проведена в 2002 р. при фінансовій допомозі Програми підтримки вищої освіти (HESP).
Міжнародний Фонд "Відродження" (МФВ) був активним партнером Центру всі ці роки. Директор Центру Володимир Дубовик виступив в якості члена Ради європейської програми МФВ в 2005-2006 рр. У червні 2011 р. Центром спільно з Європейською програмою МФВ був проведений круглий стіл «Україна та ЄС: від партнерства до асоціації».
З 2008 року Центр прийняв участь в реалізації проекту (також фінансованого МФВ) для проведення моніторингу процесу видачі шенгенських віз в Україні. Його партнерами в цьому проекті були Центр миру, конверсії та зовнішньої політики України, Громадська ініціатива «Європа без кордонів» та інші учасники спеціально створеного консорціуму.
Центр реалізував проект Жана Моне «Європа в Одесі, Одеса в Європі» в 2007-2008 рр. за фінансової підтримки Європейської комісії. Цей проект включав в себе ряд заходів в галузі науки, освіти та поширення інформації, проведення Дня Європи в Одесі є одним з прикладів.
Іншим довгостроковим міжнародним проектом, який був профінансований EuropeAid Європейської Комісії, став «BRIDGE - Сприяння взаєморозумінню та співпраці ЄС з Білоруссю, Молдовою, Росією та Україною». Центр був українським партнером у діяльності об’єднаних інституцій, які представляють Білорусь, Німеччину, Італію, Молдову, Румунію, Росію та Словенію. Цей проект існував в період з 2008 по 2012 рр. Основна мета проекту полягала в підвищенні обізнаності про «Європейську політику сусідства» та «Східне партнерство» в чотирьох пострадянських державах і розроблення рекомендації щодо вдосконалення цієї політики.
Європейська програма МФВ профінансувала проект, розроблений для полегшення співпраці між Центром та португальським Інститутом міжнародних відносин. Результатом стало проведення низки семінарів (у тому числі в Лісабоні в грудні 2007 року і в травні 2010 року, взаємні візити експертів і, крім того, була опублікована спільна колективна монографія «Європейська інтеграція та процеси внутрішньої трансформації: українські перспективи та досвід Португалії», яка була високо оцінена, зокрема, Послом України в Португалії О.М. Никоненко.
Регіональний семінар з вдосконалення викладання (ReSET) «Європейська безпека та СНД: Нові доктринальні pамки для нової Європи» був проведений в 2005-2008 рр. другий проект в рамках ReSET під назвою «ЄС в якості нового Європейського актора безпеки: вивчення теоретичних парадигм» проводився в 2010-2013 роках. Обидва семінари фінансувалися Програмою підтримки вищої освіти (HESP). Ці проекти зібрали провідних експертів в даній галузі, кілька десятків перспективних молодих викладачів та дослідників з різних пострадянських держав. В рамках проектів були проведені шість літніх шкіл в Одесі, а також багато інших робочих зустрічей та семінарів. У 2011 р. в рамках проекту також був підготовлений спеціальний випуск «Актуальні проблеми міжнародних відносин» (випуск 102, частина 2, опублікований Київським Інститутом міжнародних відносин).
Подібний тематичний акцент також знайшов відображення в навчальному процесі. Старший науковий співробітник Центру Денис Валерійович Кузьмін викладає курс з історії та теорії європейської інтеграції.
Центр достатньо часу присвятив питанням, пов'язаним з процесом євроатлантичної інтеграції та безпеки, реалізуючи різні проекти і гранти, організовуючи конференції та семінари. У числі інших - дві академії НАТО - для молодих викладачів («Виклики безпеки і можливості в Середземноморсько-Чорноморсько-Каспійському морях: роль НАТО і інших акторів», 2006 р.) і студентів («Трансформація НАТО та виклики безпеці сьогодні», 2008 р.) з усієї України. У них взяли участь провідні фахівці в даній сфері. Обидві академії були профінансовані Департаментом громадської дипломатії НАТО. Центр проводить плідну співпрацю з Центром інформації та документації НАТО в Києві.
Центр провів два проекти в рамках реалізації Плану дій Україна-НАТО в 2007-2008 рр., які були фінансовані Міністерством освіти і науки України. Вони включали проведення різних громадських слухань, інформаційних кампаній, семінарів, а також проведення соціологічних опитувань серед жителів Одеської області стосовно їх ставлення до перспектив євроатлантичної інтеграції.
Наукові співробітники Центру є авторами колективної монографії «Євроатлантична інтеграції України: глобальні та регіональні виміри», яка вийшла в 2008 році і стала вагомим внеском у вивчення даного питання. Крім науково-дослідницької діяльності, співробітники Центру взяли участь у численних громадських інформаційних заходах, з'являлися на місцевих телевізійних каналах, обговорюючи відносини України і НАТО. Центр, при співпраці з Португальським Інститутом Міжнародних відносин та Центром Нової і Новітньої історії (Університет Лісабона), реалізував проект з питань зміни сприйняття НАТО. Цей проект було профінансовано програмою НАТО «Наука для миру та безпеки». Розширений семінар «Сприйняття НАТО: баланс 60 років потому» відбувся у Лісабоні в травні 2010 року. Згодом окремі розділи «Сприйняття НАТО і нова стратегічна концепція» були опубліковані в 2011 році за підтримки Департаменту громадської дипломатії НАТО. В.А. Дубовик доклав власний внесок у вигляді розділу «НАТО: формування правильної стратегії для безпечного завтра».
