Дослідження питань безпеки серед цілого ряду інших напрямків також є одним з пріоритетних для Центру, який завжди приділяв пильну увагу дослідженню європейської безпеки. Наприклад, в 1996 р Центром спільно з Університетом Індіани Блумінгтон була організована конференція «Європейська безпека і Україна». Вона привернула до участі декілька найбільш відомих міжнародних експертів у цій галузі, а результатом стала публікація книги «Україна і європейська безпека», видана «Макміллан Прес» в 1999 році. Продовжилася співпраця з тими ж партнерами в рамках нової конференції з даної теми в 2004 році.

В рамках цього напрямку також була реалізована низка заходів за підтримки спеціальних проектів Фонду «Відкрите суспільство» та HESP, в тому числі регіональні семінари «Європейська безпека та СНД: Нові доктринальні pамки для нової Європи» 2005-2008 рр. та «ЄС в якості нового Європейського актора безпеки: вивчення теоретичних парадигм» 2010-2013 рр.

Центр міжнародних досліджень бере участь у дослідженні питань безпеки в Широкому Чорноморському регіоні. Багато років тому Віктор Вікторович Глєбов (нині директор Інституту соціальних наук Одеського національного університету ім. І.І.Мечникова) ініціював процес дослідження питань безпеки. У 2000 р спільно з Радою з міжнародних досліджень та обмінів (IREX) був організований масштабний форум на тему «Регіональна динаміка Чорного і Каспійського морів». Він запустив цілу низку подальших конференцій та семінарів на тему динаміки регіональної безпеки Чорного Моря.

Старший науковий співробітник Сергій Глебов (який є координатором регіональних досліджень безпеки в Центрі) підготував першу дисертацію на тему безпеки в регіоні Чорного моря в Україні в 2002 році, яка являє собою всеосяжний і системний погляд на дану проблематику. У 2003 році він провів свій дослідницький проект на дану тему в Інституті А. Гаррімана при Колумбійському університеті. Сергій Глебов викладає цілий курс, спеціально присвячений питаню безпеки в Чорноморському регіоні. У січні 2006 р Директор Центру Володимир Дубовик приєднався до робочої групи Широкого Чорноморського регіону, яка була створена об'єднанням ПЗМ ("Партнерство заради миру"). Велика група наукових співробітників Центру взяли участь у конференції «Чорноморська синергія» в жовтні 2007 року. Зайве говорити, що питання безпеки і співробітництва в Чорноморському регіоні завжди були на порядку денному ряду інших національних і міжнародних конференцій, круглих столів та наукових форумів, які проводилися державами Чорноморського узбережжя, такими, як Російська Федерація, Туреччина, Грузія, Румунія, Болгарія, в яких наші співробітники також брали активну участь в якості со-організаторів, доповідачів і виступаючих, починаючи з 1992 року. В цілому, публікації та особисті презентації по чорноморським дослідженням завжди були одним з пріоритетних для Центру, за допомогою яких наші співробітники ділилися власними науковими відкриттями в США, Великобританії, Франції, Португалії, Іспанії, Італії, Бельгії, Нідерландах, Німеччині, Польщі, Угорщини, Чехії та Греції під егідою різних академічних спільнот.

Центр міжнародних досліджень бере участь в аналізі безпеки та міжнародних подій, які відбуваються на пострадянському просторі, ролі України в даній сфері. У 1993 - 1998 рр. він організував п`ять круглих столів з питань україно-російських відносин. Його директор Володимир Дубовик викладає курс з зовнішньої політики України; старший науковий співробітник Центру Сергій Глєбов викладає курс з зовнішньої політики Російської Федерації. У період з 1995 по 1997 рр. В. Дубовик був контактною персоною Russian Littoral Project в Одесі (очолюваний К. Давішою і Б. Перротом), який був зосереджений на динаміці безпеки на території колишнього Радянського Союзу. У 1995 р. Центром була організована конференція за даним проектом на тему: «Економічні перетворення в Нових Незалежних Державах та інтеграція у світову економіку».